La mezquita Djingareyber es uno de los grandes hitos de Tombuctú, junto con Sankoré y Sidi Yahia. Su construcción inicial se vincula con Mansa Musa, soberano del Imperio de Malí, tras su célebre peregrinación a La Meca en el siglo XIV. El edificio que domina hoy el paisaje es resultado de siglos de ampliaciones, reparaciones y trabajo comunitario, no una pieza congelada desde una fecha única.
Las crónicas asocian el proyecto con el andalusí Abu Ishaq al-Sahili, pero el alcance exacto de su intervención es debatido. Atribuirle toda la tradición arquitectónica minimizaría conocimientos constructivos locales mucho más antiguos. Entre 1570 y 1583, el imam y cadí Al Aqib reconstruyó y amplió sectores importantes, incluida la parte sur y el muro del cementerio occidental.