El Museo del Sitio de los Barcos de Butuan se encuentra en Barangay Libertad, ciudad de Butuan, junto al paisaje arqueológico asociado con Butuan Boat 1. No es lo mismo que el museo regional del Museo Nacional de Filipinas–Butuan, ubicado en Barangay Doongan. Conviene distinguirlos al organizar el transporte: el Museo Nacional administra ambos, pero visitar las galerías urbanas no significa haber llegado al área de excavación de los barcos.
El Museo Nacional explica que materiales arqueológicos aparecieron en Butuan durante la década de 1970, mientras se trabajaba en un sistema fluvial artificial. Las excavaciones posteriores hallaron embarcaciones antiguas bajo depósitos anegados. El museo regional se estableció en 1978 y el museo del sitio se construyó en 1980 en Ambangan, Libertad. Un museo arqueológico en el propio lugar vincula los objetos con el terreno donde surgieron las pruebas, en vez de separarlos por completo de su paisaje.