El museo, conocido también como Santuario Balangay, protege en barangay Libertad el contexto de excavación y los restos del Barco de Butuan 1. Las embarcaciones aparecieron en depósitos anegados de un antiguo sistema fluvial en los años setenta. Su conservación aporta evidencia física excepcional de barcos construidos con tablones y sitúa a las comunidades precoloniales filipinas en redes marítimas del Sudeste Asiático.
El Museo Nacional fecha los ejemplares mejor conocidos entre finales del siglo VIII y comienzos del X. Los constructores unieron tablones moldeados borde con borde mediante salientes y ligaduras internas, técnica compartida por el Sudeste Asiático insular. No eran simples canoas monóxilas, y una sola nave tampoco demuestra toda afirmación posterior sobre la palabra moderna “barangay”.