El Fuerte Santiago ocupa un punto estratégico de Intramuros, donde el río Pasig desemboca en la bahía de Manila. Su posición explica por qué distintos gobernantes lo utilizaron como plaza militar, pero su historia comenzó antes de las murallas de piedra. La Administración de Intramuros indica que el fuerte español de 1571 sustituyó una empalizada vinculada con la antigua Maynila de Rajah Sulayman. Por eso, el sitio forma parte de una historia más amplia del litoral y del poder en Manila.
Las primeras defensas españolas eran de madera y tierra. Fueron destruidas durante el ataque de Limahong en 1574 y el fuerte se reconstruyó en piedra entre 1589 y 1592. Un terremoto lo dañó en 1645, lo que llevó a repararlo y ampliarlo. Estas fechas ayudan a leer los muros actuales: no se trata de una obra conservada sin cambios, sino de un recinto defensivo transformado por conflictos, reconstrucciones y necesidades militares distintas.