La Quemada se alza sobre un cerro del valle de Malpaso, en el municipio de Villanueva, a unos 56 kilómetros al sureste de la ciudad de Zacatecas. El paisaje no funciona como telón de fondo de la zona arqueológica: sus antiguos constructores aprovecharon la pendiente para distribuir plazas, terrazas, pasillos y espacios ceremoniales, residenciales y administrativos. El resultado es distinto de las trazas regulares asociadas con algunas ciudades antiguas del centro de México. Aquí, el visitante comprende el asentamiento mientras avanza por la ladera.
El nombre La Quemada suele explicarse por una hacienda cercana que se incendió, aunque el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) presenta ese origen con cautela. El sitio también se asocia popularmente con Chicomoztoc, lugar legendario de relatos sobre la migración mexica. Esa asociación no identifica de manera comprobada a la antigua ciudad. El INAH señala que sus orígenes siguen siendo un misterio; por eso, el letrero «Ruinas de Chicomoztoc» no debe tomarse como prueba de que aquí estuvo el lugar mítico.