El museo reúne escultura, terracota, cerámica, monedas y fragmentos arquitectónicos del paisaje identificado con la capital de Majapahit. Entre finales del siglo XIII y comienzos del XVI, el reino fue una gran potencia política y comercial del Sudeste Asiático marítimo. Sus colecciones ofrecen contexto para puertas, estanques, templos y cimientos de ladrillo cercanos.
En 1924, el arquitecto Henri Maclaine Pont y el regente Kromodjojo Adinegoro fundaron la Oudheidkundige Vereeniging Majapahit; el museo abrió en 1926. Colecciones y edificios cambiaron tras guerra, reorganizaciones y nuevas excavaciones. También se conoce como Centro de Información Majapahit.
