San Andrés muestra cómo un centro político y ceremonial maya organizaba el espacio. En el fértil valle de Zapotitán, La Libertad, reúne plazas, arquitectura de tierra, museo y restos de una posterior operación colonial de añil. Sus monumentos son menos verticales que las pirámides de piedra de otras ciudades, pero revelan un centro regional con autoridad durante el periodo Clásico.
Su fase principal se fecha aproximadamente entre 600 y 900 d. C., después de que la actividad volcánica alterara el valle. La Acrópolis elevada sostenía las estructuras 1 a 4, construidas sobre todo con adobe. Al norte, una gran plaza está rodeada por edificios, incluida la estructura campaniforme más alta. La estructura 7 difiere del grupo principal y conecta San Andrés con redes mesoamericanas más amplias.
