El palacio está junto a la costa de Kato Zakros, donde una bahía conectaba el este de Creta con Chipre, Egipto y Levante. El complejo de unos 8.000 m² contenía patio central, almacenes, talleres, salas ceremoniales y sofisticadas instalaciones de agua. Su destrucción final hacia 1450 a. C. dejó depósitos importantes sin saquear y permitió recuperar conjuntos coherentes.
Un primer palacio surgió hacia 1900 a. C. y fue reconstruido sustancialmente en el periodo neopalacial. Nikolaos Platon inició excavación sistemática en 1961. La ciudad circundante y cementerios del Desfiladero de los Muertos muestran que el palacio era parte de una comunidad y paisaje más amplios.