El Museo Arqueológico de Tebas presenta la historia de Beocia desde el Paleolítico hasta la época posbizantina. Su exposición, reorganizada y abierta al público en 2015, ocupa unos 1.000 metros cuadrados y convierte al museo en una de las mejores puertas de entrada al pasado de la Grecia continental. La ubicación en Tebas permite relacionar las piezas con una ciudad que fue centro político y cultural en distintos periodos de la Antigüedad.
Entre los conjuntos más singulares figuran los sellos cilíndricos hallados en la Cámara del Tesoro del palacio micénico de Tebas. Estos pequeños objetos hablan de administración, intercambio y contactos de larga distancia durante la Edad del Bronce. También destacan las lárnakes de arcilla pintada procedentes de Tanagra, sarcófagos cuya decoración constituye un fenómeno excepcional en la Grecia continental. La secuencia continúa con materiales de las épocas clásica, helenística, romana, bizantina y posterior.