Yaxchilán se encuentra en la orilla mexicana del río Usumacinta, en Chiapas, dentro de la selva Lacandona. A diferencia de otras zonas arqueológicas a las que se llega directamente por carretera, el recorrido habitual termina en Frontera Corozal, donde una lancha lleva a los visitantes río arriba hasta las ruinas. El trayecto forma parte de la experiencia: los edificios aparecen entre el paisaje verde del río y la corriente que condicionó la ciudad antigua sigue definiendo cómo se llega hoy.
La disposición de Yaxchilán responde a su entorno. La Gran Plaza ocupa una terraza natural junto al río, mientras que las acrópolis Grande y Oeste se elevan sobre colinas calizas al sur. Plazas, templos y conjuntos residenciales o ceremoniales en altura forman un paisaje urbano conectado. La escala se aprecia mejor caminando: escaleras y senderos enlazan edificios por encima del nivel del agua, de modo que el sitio no se contempla desde un único mirador distante.
