San José Mogote, en el ramal de Etla de los Valles Centrales, explica cómo las aldeas evolucionaron hacia organizaciones políticas regionales. La ocupación comenzó alrededor de 1500 a. C. y durante el Preclásico medio se convirtió en un centro principal. El INAH lo vincula con la concentración de poder, culto e intercambio antes del ascenso de Monte Albán.
La etiqueta «Zona Arqueológica San José El Mogote» puede sugerir un parque monumental. En realidad, los vestigios conviven con la comunidad actual y la antigua Hacienda del Cacique. Las excavaciones desde 1964 revelaron viviendas, arquitectura pública, producción artesanal y monumentos tallados, pero gran parte se comprende mediante interpretación arqueológica.