El origen de Yakushi-ji está ligado a una crisis personal de la familia imperial. En 680, el emperador Tenmu prometió fundar un templo y hacer una imagen de Yakushi Nyorai, el Buda de la medicina, para pedir la recuperación de su consorte, quien más tarde sería la emperatriz Jitō. La cronología oficial del templo registra la consagración de la imagen principal en 697, antes de que el conjunto se trasladara desde Asuka a la nueva capital de Heijō-kyō. El relato une la fundación a un voto por la salud, pero el sitio que se visita hoy también refleja siglos de práctica religiosa, incendios y reconstrucciones.
Yakushi-ji llegó a ser uno de los grandes templos estatales asociados con la capital de Nara. Su disposición y sus esculturas expresaban algo más que el patrocinio imperial: el templo era un lugar de culto, estudio y ritual centrado en la tríada Yakushi. Yakushi Nyorai aparece flanqueado por los bodhisattvas Nikkō y Gakkō, vinculados al sol y la luna. Este grupo constituye el foco espiritual del pabellón principal, mientras la organización simétrica de salas y pagodas hace legible el recinto como un paisaje sagrado planificado.
